1964 - 1967: Awal Mula
Eksistensi IAIN Bone diawali dari sebuah Universitas Islam Raya Bone pada tahun 1964. Selanjutnya pada tahun 1967 berubah status menjadi Perguruan Tinggi Negeri dan menjadi Pascasarjana Syariah Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Alauddin Ujung Pandang di Watampone sebagai kelas filial, berdasarkan Keputusan Rektor IAIN Ujung Pandang Nomor 14 Tahun 1967.
1968 - 1997: Periode Perkembangan
Pada tahun 1968, status berubah menjadi Pascasarjana Syariah Cabang IAIN Alauddin Ujung Pandang berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 166 Tahun 1968, dengan pengkhususan menyelenggarakan program Sarjana Muda.
Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 56 Tahun 1982, status berubah lagi menjadi Pascasarjana Madya Cabang Alauddin Ujung Pandang dengan program Sarjana. Pada tahun 1997, lembaga ini secara kelembagaan berubah menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Watampone berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 11 Tahun 1997.
2018 - Sekarang: Era Institut
Berdasarkan Peraturan Presiden No. 23 Tahun 2018 tanggal 5 April 2018 yang ditandatangani oleh Presiden Joko Widodo, STAIN Watampone beralih bentuk menjadi Institut Agama Islam Negeri Bone. Perubahan ini merupakan upaya pemberdayaan dan pencerahan lembaga pendidikan tinggi sebagai antisipasi tuntutan dan perubahan lingkungan global.